Jei tu serverį pasileidi pačioje eclipsėje tai aišku rekomenduotina jį išjungti kažka keitant, bet nemanau kad tu jį leidi pačioje eclipsėje, tai ir išjungti nereikia, eclipsė su serveriu nesujungta, ten tiesiog tik serverio source, pasikeisi ka reikia, susikompilinsi, o tada jau išsijungsi lauk serverį ir persimesi reikalingus failus,, šiuo atveju java_main failiuką. Jei jis taip vadinasi pas tave.